黃花菜的花和根中都含有一種有毒生物堿，會引起惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道刺激癥狀，因食用鮮黃花菜中毒的事件不在少數。吃黃花菜之前要去掉花蕊(含毒素較多)，洗凈然后焯一下，再放到涼水中浸泡幾個小時，并且充分炒熟煮透。